Ngày 23 tháng 1 năm 1997, Chính phủ ban hành Nghị định số 07/1997/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập quận Ngũ Hành Sơn trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của phường Bắc Mỹ An thuộc khu vực III, thuộc thành phố Đà Nẵng cũ và hai xã Hòa Quý, Hòa Hải thuộc huyện Hòa Vang

Sau khi thành lập, quận có 3.672 ha diện tích tự nhiên và 32.533 người với 3 phường trực thuộc, gồm các phường: Bắc Mỹ An, Hòa Quý và Hòa Hải.

Ngày 2 tháng 3 năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định 24/2005/NĐ-CP[3]. Theo đó, chia phường Bắc Mỹ An thành hai phường Mỹ An và Khuê Mỹ.

Quận Ngũ Hành Sơn có 4 phường trực thuộc như hiện nay.